იყალთოს მონასტერი VI საუკუნეში ასურელმა მამამ ზენონმა დააარსა. მონასტერმა საუკუნეების განმავლობაში საქართველოს კულტურისა და განათლების უმნიშვნელოვანეს ცენტრად იქცა. ისტორიული წყაროების თანახმად, XI-XII საუკუნეებში აქ არსენ იყალთოელმა დააარსა აკადემია, რომელიც შუა საუკუნეების საქართველოს უმაღლესი საგანმანათლებლო კერა გახდა. გადმოცემის თანახმად, სწორედ აქ მიიღო განათლება დიდმა ქართველმა პოეტმა შოთა რუსთაველმა.
სამონასტრო კომპლექსი სამი ეკლესიისგან შედგება: ღვთაების, სამებისა და ყველაწმინდის ტაძრებისგან. მთავარი ნაგებობა VIII-IX საუკუნეების ფერისცვალების ეკლესიაა, რომელიც იმ ადგილზეა აგებული, სადაც წმინდა ზენონი განისვენებს. სამების მცირე ეკლესიაში VI საუკუნის გუმბათოვანი ტაძრის ნაწილებია შემორჩენილი, ხოლო ყველაწმინდის ერთნავიანი ეკლესია XII-XIII საუკუნეების მიჯნაზეა აშენებული. მონასტრის არქიტექტურული ანსამბლი ორგანულად ერწყმის გარშემო არსებულ ბუნებრივ ლანდშაფტს და შთამბეჭდავ სანახაობას ქმნის.
